Desde su fundación, INCEDES ha contado con la confianza y el apoyo de diversos organismos e instituciones
- Alto Comisionado de Naciones Unidas para los Refugiados –ACNUR-
- American Friends Services Committee -AFSC-
- Catholic Relief Services -CRS-
- Consejería en Proyectos -PCS CAMEX-
- El Colegio de la Frontera Norte – COLEF – con fondos de las Secretarías de Trabajo y Previsión Social; de Relaciones Exteriores, del Instituto Nacional de Migración y del Consejo Nacional de Población – CONAPO – de la Secretaría de Gobernación de México.
- El Colegio de México -COLMEX- (con fondos de la Fundación Ford / México y Centroamérica)
- Florida Atlantic University -FAU-
- Fondo Delegado del Programa de Seguridad Juvenil en Centroamérica -ICCO-
- Fundación MacArthur
- Fundación Panamericana para el Desarrollo –PADF-
- Fundación Soros
- Fundación WageIndicator (Holanda) en colaboración con la Universidad de Belgrano (Argentina) y Directos
- IICA / ECADERT – Fundación Ayuda en Acción -AEA-
- Instituto de Estudios y Divulgación sobre Migración – INEDIM – A.C. / Con fondos de la Fundación Ford (México y Centroamérica)
- Instituto Interamericano de Derechos Humanos –IIDH-
- Organización Internacional del Trabajo –OIT- / Ginebra, Programa Regional y Programa Guatemala
- Organización Internacional para las Migraciones –OIM- / Programa Regional sobre Migración, Mesoamérica – Caribe
- Programa de Naciones Unidas para el Desarrollo –PUND- / Informe Nacional de Desarrollo Humano, Guatemala
- Programa de Naciones Unidas para el Desarrollo –PUND- El Salvador y Unión Europea / UCA El Salvador
- Save the Children / Suecia
- TROCAIRE
- Fondo de Población de las Naciones Unidas –UNFPA- / Programa Guatemala
- Fondo de las Naciones Unidas para la Infancia –UNICEF- (TACRO) / FLACSO Ecuador
- Fondo de las Naciones Unidas para la Infancia –UNICEF- / Programa Regional
- Universidad de Emory
- Universidad de Florida / con fondos de la Fundación Ford / New York
- Universidad de Oxford / CRISE
- Waters Esteban Foundation